Nach einem ersten erfolglosen Missionsversuch 716 nach Friesland, bricht er ein Jahr später nach Rom auf, um sich von Papst Gregor II Auftrag und Vollmacht für die Mission einzuholen. Dieser gibt ihm den neuen Namen „Bonifatius". Seine Missionsstationen sind Thüringen, Friesland, Hessen, Bayern. Dabei gründet er – das ist seine Methode - als Kraftzentren und Stützpunkte der Mission Bistümer und Klöster und organisiert so eine kirchliche Struktur. Er sagte: „Wir sind aufgefordert, nicht nur Formeln des Glaubens nachzusprechen, sondern sie durch Nachdenken uns zu eigen zu machen. Nur Glaube, der durch das Denken erhellt und im Leben bewährt ist, vermag in unserer alltäglichen Welt Bestand zu haben." Bonifatius kommt zugute, dass die Organisation eines Benediktinerklosters der Stammesverfassung der Germanen in vielen Punkten entspricht: An ihrer Spitze steht ein Wahlkönig, vergleichbar dem Abt; wählbar ist jeder freie Volksgenosse, im Orden jedes Mitglied des Konvents. Auch die Letztverantwortlichkeit des Abtes entspricht der des Königs. So kommt das Kloster als Familie, unter dem Regiment des Vater Abtes, dem Familiensinn der Germanen sehr entgegen und schafft Sympathien. Bonifatius wirkt mit Erfolg, viele Menschen werden getauft. Später nennt man Bonifatius den „Apostel der Deutschen". Es ist kein leichtes Unterfangen, die Kirche hierzulande zu reformieren und zu organisieren. Bonifatius schreibt an Erzbischof Cudberth von Canterbury: „Die Arbeit, die ich leiste, scheint am meisten Ähnlichkeit zu haben mit einem Hund, der bellt und sieht, wie Diebe und Räuber das Haus seines Herrn aufbrechen und untergraben und verwüsten, aber weil er keine Helfer zur Verteidigung hat, nur knurrend wimmert und jammert."
Im Alter von etwa 80 Jahren zieht es ihn nochmals nach Friesland, dem Ort seines ersten Missionsversuchs. Am Morgen des 5. Juni 754 metzelt nahe Dokkum eine bewaffnete Horde Bonifatius und seine Gefährten nieder. Gemäß seinem Wunsch wird Bonifatius in Fulda beigesetzt. Ein großer Missionar, von dem ein Lied sagt: „Du Bote Gottes ausgesandt / das Heil zu künden unserm Land / die deutschen Stämme führtest du / dem einzig wahren Hirten zu / sieh her auf unsere Glaubensnot / die wir von Irrtum sind bedroht / steh uns mit deiner Hilfe bei / und mache uns im Glauben treu / o heilger Bonifatius."
